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Sepúlveda Robles, Daniel Eduardo - Capítulo 2. Introducción - Diseño de una aplicación para la simulación del Acoplamiento Molecular -Proteína-Ligando- Mediante Herramientas Basadas en Java -- Maestría en Ciencias de la Computación. - Departamento de Computación, Electrónica y Mecatrónica. - Escuela de Ingeniería, - Universida


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CAPITULO 2.
INTRODUCCION Introducción La Computación es un área muy extensa y prácticamente se encuentra en constante interacción con otros campos de la ciencia, en este caso en particular el interés se centra en el papel que juega la Computación en la Química, más específicamente en el campo del “Acoplamiento Molecular, (Molecular Docking)”, dicho campo ha venido creciendo mucho en los últimos años, entre algunas de las principales aportaciones se encuentran las de David S.
Goodsell, quien fue el creador del programa llamado AutoDock, cuyo objetivo es el estudio de compatibilidad de moléculas pequeñas llamadas ligandos (key) con moléculas grandes llamadas receptores (lock) como candidatas a la formación de fármacos, también está el Kuntz Group creador del programa llamado DOCK, y recientemente Mark Thompson creador del Software ArgusLab [Sepúlveda, 2010]. Básicamente la predicción del acoplamiento proteína-proteína, que en bioinformática se conoce como “Docking proteína-proteína”, es la determinación de la estructura molecular de complejos formados por dos o más proteínas [Boisson, 2008].
Es conocido que la actividad de fármacos se obtiene a través de la unión de una molécula (el ligando) a otra, generalmente una molécula más grande (el receptor), que es comúnmente una proteína [Teodoro, 2001]; por lo que el Diseño Computacional del Acoplamiento Molecular es una herramienta esencial que se usa para el diseño de fármacos, ya que ayuda a los científicos a saber rápidamente si dos moléculas, ligando y receptor, se pueden combinar para obtener un complejo estable. La aplicación de métodos computacionales para el estudio de la formación de complejos intermoleculares, ha sido objeto de intensa investigación durante las dos últimas décadas; de ahí que hoy en día existan diversas opciones computacionales (Software) para el estudio del Docking, siendo la implementación de uno u otro algoritmo computacional así c...






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