Imputation de données manquantes pour linférence de r éseau à partir de données RNA-seqReport as inadecuate




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* Corresponding author 1 MIAT INRA - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse 2 Methodomics 3 Quartzbio 4 Nestlé Institute of Health Sciences SA 5 I2MC - Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires

Abstract : In this article, the issue of gene network inference is addressed, in which inference is performed from expression data obtained by RNA-seq sequencing technique.
Our proposal aims at integrating external information another kind of -omic for instance measured on the same individuals and on additional individuals.
The method is presented as a missing data imputation problem and is solved with multiple hot deck approaches in order to infer a more stable network.
Our results will be illustrated on real data coming from a paneuropean project on obesity.


Résumé : Dans cette proposition de communication, nous nous intéressons au problème de l-inférence de réseaux de gènes à partir de données d-expression mesurées par RNA-seq.
Nous présentons une approche qui permet d-intégrer de l-information externe autre type d-omic par exemple obtenue sur les mêmes individus ainsi que sur d-autres individus.
Notre approche est présentée comme un problème d-imputation que nous résolvons avec des approches de type -hot deck- multiple pour obtenir un réseau plus stable.
Nous illustrerons nos résultats sur des données réelles issues d-un programme d-études sur l-obésité.


en fr

Keywords : network missing data multiple imputation

Mots-clés : réseau données manquantes imputation multiple hot deck





Author: Alyssa Imbert - Caroline Le Gall - Claudia Armenise - Gregory Lefebvre - Jorg Hager - Armand Valsesia - Pierre-Antoine Gourraud -

Source: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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