en fr Enumerating functional substructures of genome-scale metabolic networks : stories, precursors and organisations Énumération de sous-structures fonctionnelle dans des réseaux métaboliques complets : Histoires métaboliquReport as inadecuate




en fr Enumerating functional substructures of genome-scale metabolic networks : stories, precursors and organisations Énumération de sous-structures fonctionnelle dans des réseaux métaboliques complets : Histoires métaboliqu - Download this document for free, or read online. Document in PDF available to download.

1 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive

Abstract : In this thesis, we presented three different methods for enumerating special subnetworks containedin a metabolic network: metabolic stories, minimal precursor sets and chemical organisations. Foreach of the three methods, we gave theoretical results, and for the two first ones, we further providedan illustration on how to apply them in order to study the metabolic behaviour of living organisms.Metabolic stories are defined as maximal directed acyclic graphs whose sets of sources and targets arerestricted to a subset of the nodes. The initial motivation of this definition was to analyse metabolomicsexperimental data, but the method was also explored in a different context. Metabolic precursor setsare minimal sets of nutrients that are able to produce metabolites of interest. We present threedifferent methods for enumerating minimal precursor sets and we illustrate the application in a studyof the metabolic exchanges in a symbiotic system. Chemical organisations are sets of metabolites thatare simultaneously closed and self-maintaining, which captures some stability feature in the

Résumé : Dans cette thèse, nous avons présenté trois méthodes différentes pour l’énumération de sousréseauxparticuliers d’un réseau métabolique: les histoires métaboliques, les ensembles minimaux deprécurseurs et les organisations chimiques. Pour chacune de ces trois méthodes, nous avons présentédes résultats théoriques, et pour les deux premières, nous avons en outre fourni une illustration surcomment les appliquer afin d’étudier le comportement métabolique des organismes vivants. Les histoiresmétaboliques sont définies comme des graphes acycliques dirigés maximaux dont les ensemblesde sources et de cibles sont limités à un sous-ensemble des noeuds. La motivation initiale de cette définitionétait d’analyser des données expérimentales de métabolomique, mais la méthode a égalementété explorée dans un contexte différent. Les ensembles de précurseurs métaboliques sont des ensemblesminimaux de nutriments qui permettent de produire des métabolites d’intérêt. Nous présentons troisméthodes différentes pour l’énumération de tels ensembles minimaux de précurseurs, et nous illustronsleur application dans une étude des échanges métaboliques dans un système symbiotique. Les organisationschimiques sont des ensembles de métabolites qui à la fois sont fermés et s’auto-maintiennent,ce qui reflète des caractéristiques de stabilité dans le sens où aucun nouveau métabolite ne peut êtreproduit et qu’aucun des métabolites déjà présents dans le système ne peut disparaître.

en fr

Keywords : Metabolic network Metabolic story Maximal directed acyclic graph Computational biology Exact exponential Complexity Graphs Algorithm

Mots-clés : Réseau métabolique Histoire métabolique Algorithme Complexité Graphes Exact exponentiel Randomisation Biologie computationelle Graphe acyclique dirigé maximal





Author: Paulo Vieira Milreu -

Source: https://hal.archives-ouvertes.fr/



DOWNLOAD PDF




Related documents