en fr Blind Source Separation for Analyzing Expression Data Séparation de Sources pour lAnalyse de Données dExpression Report as inadecuate




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1 CPT - Centre de Physique Théorique - UMR 6207 2 LATP - Laboratoire d-Analyse, Topologie, Probabilités

Abstract : We present a new approach for analyzing gene expression data, based upon blind source separation techniques. This approach yields - elementary expression patterns - , or - sources - , which may be interpreted as potential regulation channels. Further analysis of the so-obtained sources show that they are generally characterized by a small numbers of specific co-regulated genes. The results obtained on two datasets show that some of the obtained gene families correspond to well known families of co-regulated genes, which validates our approach.

Résumé : Nous décrivons une nouvelle approche pour l-analyse de données issues du transcriptome, basée sur les techniques de séparation de sources en aveugle. Cette approche fournit en sortie des - profils d-expression élémen-taires - , ou - sources - , éventuellement interprétables comme de possibles voies de régulation. Une analyse plus fine des sources ainsi obtenues montre qu-elles sont généralement caractérisées par une sur-expression resp. sous-expression significative d-un petit nombre de gènes, parfois accompagnée d-une sous-expression resp. sur-expression d-une famille complémentaire de gènes. Les résultats obtenus sur deux jeux de données d-expression montrent que certaines des familles ainsi détectées correspondent à des familles connues de gènes co-régulés, ce qui valide l-approche.

en fr

Keywords : expression data source separation independent component analysis co-regulated genes

Mots-clés : séparation de source, analyse en composantes indépendantes





Author: Pierre Chiappetta - Marie-Christine Roubaud - Bruno Torrésani -

Source: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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