en fr Study of transposable elements expression indrosophila melanogaster by bioinformatic approach Étude de l’expression des éléments transposables chez drosophila melanogaster par approche bioinformatique Report as inadecuate




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1 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive

Abstract : Transposable elements TEs are major components of most genomes, and their impact on genome evolution is now well documented. However, the way they affect the transcriptome is still not clearly established. Using the sequenced genome of Drosophila melanogaster and EST libraries -Expressed Sequence Tag-, large tags ~500bp corresponding to subsequences of a transcribed cDNA sequences, we describe here the TE insertions that are unequivocally transcribed, and we have determined their location in the sequenced genome of Drosophila melanogaster. We show that most TE families are transcribed, and we have specifically identified 69 expressed TE insertions, half of which are located inside genes, mostly within introns and 5′UTRs regulatory regions.

Résumé : Les éléments transposables sont des composants majeurs de la plupart des génomes, et leur impact sur l’évolution des génomes est maintenant bien documenté. Cependant, la manière par laquelle ils participent au transcriptome n’est pas encore clairement établie. En utilisant le génome séquencé de Drosophila melanogaster et les bibliothèques d’EST, nous avons déterminé les insertions d’éléments transposables qui sont transcrites sans équivoque, ainsi que leur localisation dans le génome séquencé de D.melanogaster. Nous montrons que la plupart des familles d’éléments transposables sont transcrites, et nous identifions spécifiquement 69 insertions d’éléments transposables exprimés, dont la moitié réside dans des gènes, la plupart dans des introns et des régions régulatrices 5’UTR.

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Keywords : Expressed Sequence Tag Transposable elements

Mots-clés : Éléments transposables Expression exprimés transcrits Transcrits Transcriptome Drosophile Drosophila melanogaster





Author: Marc Deloger -

Source: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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