Un modèle génératif pour la comparaison de métriques en classification de profils d expression de gènesReport as inadecuate




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* Corresponding author 1 LIG - Laboratoire d-Informatique de Grenoble 2 AMA - Analyse de données, Modélisation et Apprentissage automatique Grenoble LIG - Laboratoire d-Informatique de Grenoble 3 DyCTiM TIMC-IMAG - Techniques de l-Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications Grenoble

Résumé : La prolifération cellulaire traduit le processus cyclique de division des cellules responsable de la croissance des tissus. Un tissu tumoral peut alors être caractérisé par la présence de cellules cancéreuses qui présentent une prolifération anormale. Ce papier s-intéresse à la classification des gènes différentiellement activés au cours du processus de division cellulaire. Les gènes étudiés ici sont décrits par leurs profiles d-expression c-à-d des données temporelles d-expression de gènes tout au long de 3 cycles cellulaires successifs. Le travail présenté concerne l-évaluation de l-efficacité de 4 métriques majeures pour la classification et le classement des profiles d-expression de gènes. Il est basé sur la mise en oeuvre d-un modèle périodique aléatoire pour la simulation de gènes d-expression cyclique au long du cycle de division cellulaire. Le modèle traduit les événements cycliques de régulation moléculaire du cycle cellulaire, avec des variations en décalage dans le temps des profiles d-expression de différents gènes. Le modèle rend compte également de phénomènes de désynchronisation cellulaire provoquant à la fois l-atténuation en amplitude des valeurs d-expression et des modifications de périodicité des cycles cellulaires successifs.

Mots-clés : Séries temporelles métriques classification profils d-expression de gènes





Author: Alpha Diallo - Ahlame Douzal-Chouakria - Françoise Giroud -

Source: https://hal.archives-ouvertes.fr/



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